1935年の開業以来、様々な歴史を積み重ねてきた南小谷駅の歴史を時系列でご紹介します。
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南小谷駅の歴史（1935年～）
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| 年 / 日付 | 出来事 |
| 1935年（昭和10年）9月 | 駅舎および周辺の建物が完成する。 |
| 1935年（昭和10年）11月29日 | 大糸南線の信濃森上～中土駅間の開通により南小谷駅が開業。 |
| 1937年（昭和12年）6月 | 信濃鉄道が国有化され松本-南小谷-中土間が国鉄となる。 |
| 1957年（昭和32年） | 大糸線全線が開通し列車交換施設が設置される。 |
| 1967年（昭和42年）10月1日 | 営業範囲が改正され、旅客・手荷物・小荷物および小口扱貨物を取り扱う駅となる。 |
| 1967年（昭和42年）12月20日 | 信濃森上駅-南小谷駅間の電化に伴い、新宿駅-信濃森上駅間の急行列車および松本駅 – 信濃森上駅間の列車の一部が当駅まで延長される。 |
| 1967年（昭和42年）12月 | 信濃大町駅-当駅-中土駅間が連査閉塞方式へと変更され、腕木式の信号機から色灯式信号へ置き換えられた。 |
| 1967年（昭和42年）12月 | 駅舎の改築が行われ、駅本屋改築。鉄筋コンクリート1階乗降場が改良され8両編成に対応。 |
| 1968年（昭和43年）3月29日 | 中土方面への逸走防止乗越転轍機が設置される。 |
| 1968年（昭和43年）12月 | 跨線橋を設置し、ホーム上屋が増設される。 |
| 1969年（昭和44年） | 当駅にて旅行会組織が結成される。 |
| 1971年（昭和46年）1月30日 | 営業範囲が改正され、小口扱貨物の取り扱いを廃止して旅客駅となる。 |
| 1971年（昭和46年）4月26日 | 名古屋-南小谷駅間直通となる急行つがいけ号が乗り入れを開始する。 |
| 1971年（昭和46年）9月15日 | 営業範囲が改正され、手荷物および小荷物の配達取り扱いが廃止となる。 |
| 1973年（昭和48年）4月 | 上下線ホームが舗装される。 |
| 1973年（昭和48年）12月25日 | 当駅に小谷村村営観光案内所が設置される。 |
| 1974年（昭和48年）12月 | 52号ポイント覆いの改修が行われる。 |
| 1975年（昭和50年） | 新宿駅-南小谷駅間直通「急行アルプス3号」が電車化して運行を開始。 |
| 1975年（昭和50年）11月 | アラームベルが改修され、電気融雪機の設置・構内照明設備の改善・上りホーム末端部の舗装・駅前広場の舗装・構内電話の設置が行われる。 |
| 1979年（昭和54年）11月 | ホームの番線表示の電気掲示化が行われる。 |
| 1982年（昭和57年）11月 | ホームのアスファルト舗装化・ホーム待合室の新設・下り1番線を38m延伸し特急乗り入れに対応させる。 |
| 1982年（昭和57年）11月15日 | 特急あずさの当駅定期乗り入れが開始される。 |
| 1982年（昭和57年）12月24日 | 特急しなのの当駅乗り入れが開始される。 |
| 1983年（昭和58年）3月25日 | 大糸線全線にて列車集中制御装置（CTC）が導入される。 |
| 1983年（昭和58年）3月25日 | 当駅が白馬大池駅・中土駅・北小谷駅の管理駅となる。 |
| 1983年（昭和58年）7月5日 | 当駅に自動券売機が2台導入される。 |
| 1984年（昭和59年）2月1日 | 営業範囲が改正され、荷物の取扱が廃止される。 |
| 1985年（昭和59年）3月14日 | 新宿駅-南小谷駅間の特急あずさ（7号-22号）が一往復追加定期運行を開始する。 |
| 1985年（昭和60年）7月17日 | 当駅の自動券売機1台が撤去される。 |
| 1987年（昭和62年）4月1日 | 日本国有鉄道の分割民営化に伴い、当駅はJR東日本・JR西日本の会社境界駅となる。 |
| 1988年（昭和63年）12月 | シュプール号乗り入れ開始。 |
| 1989年（平成元年）12月 | 駅舎を全面改装し、三角屋根の設置などを行う。 |
| 1994年（平成6年）12月 | 特急スーパーあずさが当駅まで1日1往復定期乗り入れ開始。 |
| 1995年（平成7年）7月11日 | 7.11水害（梅雨前線豪雨）により土砂等が駅舎へ大量に流れ込み被災。また、当駅を含む白馬駅-根知駅間の橋梁や路盤の崩壊により不通となる。 |
| 1995年（平成7年）8月1日 | 白馬駅-当駅間が復旧する。 |
| 1996年（平成8年）3月 | 特急スーパーあずさが当駅まで1日2往復定期乗り入れ開始。 |
| 1997年（平成9年）11月29日 | 当駅-小滝駅間の復旧工事が完了し、営業が再開される。同日、当駅においてその記念式典が行われた。 |
| 1998年（平成10年）12月 | JR東日本E127系の運用を開始する。 |
| 2000年（平成12年）3月 | 当年度をもってシュプール白馬号の全てが廃止となる。 |
| 2002年（平成14年）7月 | E257系特急あずさ運用開始する。 |
| 2002年（平成14年）11月 | 183系189系信州色の特急あずさ運用終了する。 |
| 2004年（平成16年）3月 | 特急スーパーあずさの当駅定期乗り入れが廃止となる。 |
| 2010年（平成22年）3月 | E351系特急スーパーあずさ運用終了する。 |
| 2010年（平成22年）3月 | JR西日本キハ52系の運用を終了しキハ120系300番台の運用を開始する。 |
| 2010年（平成22年）8月11日 | 信州ディスティネートキャンペーンに合わせ、駅舎の改修を行う。 |
| 2010年（平成22年）10月2日 | リゾートビューふるさと（HB-E300系）の乗り入れが開始される。 |
| 2013年（平成25年）3月 | JR東日本211系の運用を開始する。 |
| 2014年（平成26年）11月22日 | 長野県神城断層地震の発生により信濃大町駅-糸魚川駅間が運休となる。 |
| 2014年（平成26年）11月26日 | 南小谷駅-平岩駅間が復旧する。 |
| 2014年（平成26年）12月7日 | 白馬駅-南小谷駅間が復旧し全線が開通する。 |
| 2015年（平成27年）3月 | JR東日本115系の定期運用終了する。 |
| 2017年（平成29年）11月12日 | えちごトキめきリゾート雪月花（ET-122系1000番台）が大糸線全通60周年に合わせ、当駅へ初乗り入れする。 |
| 2019年（平成31年）3月 | 特急あずさの全てがE257系からE353系へ切り替えとなる。 |
| 2020年（令和2年）3月 | 特急あずさ（千葉駅-南小谷駅）が廃止される。 |
| 2025年（令和7年）3月25日 | 特急あずさ（新宿駅-南小谷駅）の当駅定期乗り入れが廃止となる。 |
| 2025年（令和7年）5月11日 | 特急型列車なごみ（E655系）が当駅へ初乗り入れする。 |
| 2025年（令和7年）11月29日 | 南小谷駅開業90周年を迎える。 |